Das Repertoire der Wiener Sängerknaben reicht vom Mittelalter bis zu zeitgenössischer Musik. Motetten und Lieder für Oberchor
bilden den Kern des Repertoires, wie auch eigene Arrangements von Volksliedern und wienerischer Musik. Benjamin Britten, Petr
Eben, Elena Kats-Chernin, Raoul Gehringer, Heinz Kratochwil, Balduin Sulzer, Wolfram Wagner und Gerald Wirth haben Werke für
den Chor geschrieben.
Jedes Jahr wirken die Sängerknaben bei Oratorien, Passionen und symphonischen Werken mit; mit den Wiener Philharmonikern,
den Wiener Symphonikern, der Londoner und der Osloer Philharmonie, der Staatskapelle Berlin und dem Pittsburgh Symphony Orchestra,
unter Dirigenten wie Christian Arming, Ivor Bolton, Philippe Jordan, Joana Mallwitz, Zubin Mehta, Riccardo Muti, Kent Nagano,
Christian Thielemann und Simone Young. Zu den besonderen Highlights zählen die Mitwirkungen beim Neujahrskonzert der Wiener
Philharmoniker, zuletzt 2012 und 2016 unter Leitung von Mariss Jansons; 2023 unter Franz Welser Möst.
Die Wiener Sängerknaben sind immer wieder bei Produktionen der Wiener Staatsoper, der Wiener Volksoper und der Salzburger
Festspiele zu sehen; vor allem in Mozarts Zauberflöte. Gelegentlich sind sie auch im Sprechtheater zu erleben - zuletzt in
Thomas Bernhards "Jagdgesellschaft" im Wiener Akademietheater.
Ein wichtiger Bestandteil des Repertoires sind Kinderopern und szenische Projekte. In den letzten 25 Jahren haben die Wiener
Sängerknaben eine Reihe neuer Opern produziert, darunter Gerald Wirths „Die Reise des kleinen Prinzen“ nach Antoine de Saint-Exupérys
berühmtem Buch und Raoul Gehringers „Moby-Dick“ nach dem Roman von Herman Melville. 2010 wurde Gerald Wirths „1398 - der Bettelknabe“
– eine Integrationsoper aus dem Mittelalter - mit fast 100 Mitwirkenden im Musikverein uraufgeführt; 2016 gab es im MuTh eine
neue Fassung der Oper in der Regie von Maria Happel zu sehen.